Penataan terhadap organisasi Kementerian Pertanian baik di pusat maupun di Unit Pelaksana Teknis (UPT) perlu dilaksanakan agar tercapai kemudahan pelayanan kepada stakeholders dan tidak terjadi tumpang tindih kewenangan antara unit kerja di lingkungan Kementerian Pertanian. Selain itu pemantapan tugas, fungsi, dan struktur organisasi serta tata kerja organisasi diarahkan untuk meningkatkan efektivitas dan efisiensi pelaksanaan tugas-tugas operasional Kementerian Pertanian.

Capaian Program Penguatan Kelembagaan

1. Evaluasi Organisasi Kementerian Pertanian telah dilaksanakan oleh SInergi Consulting pada tahun 2013 meliputi: ketepatan fungsi, jenjang organisasi, duplikasi fungsi, satuan organisasi yang berbeda tujuan namun ditempatkan dalam satu kelompok, kemungkinan adanya pejabat yang melapor kepada lebih dari seorang atasan, kesesuaian struktur organisasi dengan kinerja yang akan dihasilkan, kesesuaian struktur organisasi dengan mandat, kemungkinan tumpang tindih dengan instansi lain, kemampuan struktur organisasi untuk adaptif terhadap perubahan lingkungan strategis.
2. Hasil evaluasi organisasi ditindaklanjuti oleh Tim Pengkajian Organisasi Kementerian Pertanian yang ditetapkan melalui Keputusan Menteri Pertanian Nomor 603/Kpts/OT.160/2/2013 dilakukan pengkajian dan pembahasan penyempurnaan organisasi Kementerian Pertanian.
3. Selanjutnya ditetapkan Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2015 tentang Kementerian Pertanian dan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 43/Permentan/OT.010/8/2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Pertanian.
4. Berdasarkan kedua peraturan tersebut terjadi perampingan jabatan struktural berjumlah 115 (seratus lima belas) terdiri atas:  
5. Sesuai Peraturan Presiden Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi Kementerian Negara Pasal 83 berbunyi "Kementerian dan Kementerian Koordinator harus menyusun analisisi jabatan, peta jabatan, analisis beban kerja, dan uraian tugas terhadap seluruh jabatan di lingkungan masing-masing", Kementerian Pertanian telah menetapkan Uraian Tugas Pekerjaan Eselon IV melalui Keputusan Menteri Pertanian.
6. Tindak lanjut penataan organisasi Kementerian Pertanian dilaksananakan penataan UPT eselon III yakni pengalihan tugas dan fungsi Balai Pengujian Mutu Alata dan Mesin Pertanian ke Balai Besar Pengembangan Mekanisasi Pertanian.
7. Sampai dengan saat ini dilakukan evaluasi organisasi untuk UPT eselon IIa dan IIb serta evaluasi UPT eselon III dan IV lingkup Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian.
8. Selain itu, Kementerian Pertanian juga melakukan pengembangan jabatan fungsional bidang pertanian, yaitu: Penyuluh Pertanian, Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan, Pengawas Benih Tanaman, Pengawas Bibit Ternak, Medik Veteriner, Paramedik Veteriner, Pengawas Mutu Pakan, Pengawas Mutu Hasil Pertanian, Analis Pasar Hasil Pertanian, Pemeriksa Perlindungan Varietas Tanaman, dan Analis Ketahanan Pangan.