Peraturan perundang-undangan yang tumpang tindih, disharmonis, dapat diinterpretasi berbeda atau sengaja dibuat tidak jelas untuk membuka kemungkinan penyimpangan. Kondisi seperti ini seringkali dimanfaatkan oleh aparatur untuk kepentingan pribadi yang dapat merugikan negara. Karena itu, perlu dilakukan perubahan/penguatan terhadap sistem peraturan perundang-undangan yang lebih efektif dan menyentuh kebutuhan masyarakat.

Program penataan peraturan perundang-undangan bertujuan untuk meningkatkan efektivitas pengelolaan peraturan perundang-undangan bidang pertanian. Target yang ingin dicapai melalui program ini adalah:  (1) menurunnya tumpang tindih dan disharmonisasi peraturan perundang-undangan bidang pertanian, dan (2) meningkatnya efekivitas pengelolaan peraturan perundang-undangan bidang pertanian.

Program penataan peraturan perundang-undangan terdiri dari 4 (empat) kegiatan, yaitu:

1. Penyusunan Program Legislasi Pertanian (Prolegtan)
2. Evaluasi pelaksanaan Prolegtan
3. Penyempurnaan Peraturan Perundang-undangan yang tidak relevan/disharmonis
4. Penyelenggaraan Pengembangan Kapasitas SDM bidang Hukum  

Agar penyusunan peraturan perundang-undangan yang disusun sesuai dengan amanat peraturan perundang-undangan tingkat atasnya atau sesuai dengan kebutuhan, maka setiap tahun disusun Program Legislasi Kementerian Pertanian (PROLEGTAN), yang merupakan dokumen perencanaan penyusunan peraturan perundang-undangan di Kementerian Pertanian yang berisi rencana penyusunan regulasi baru dan penyempurnaan regulasi. 

Hasil capaian pelaksanaan reformasi birokrasi program penataan peraturan perundang undangan adalah:

1. Penyempurnaan 14 peraturan menteri pertanian yang tidak harmonis
2. Penyempurnaan sistem pengendalian penyusunan peraturan perundangan-undangan sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Pertanian Nomor 25 Tahun 2017
3. Penyelenggaraan Bimbingan Teknis Penyusunan Peraturan Perundang-undangan dan DIklat Fungsional Perancang Peraturan Perundang-undangan.
4. Pemberian layanan informasi peraturan perundang-undangan bidang pertanian yang mudah diakses oleh publik melalui jaringan dokumentasi dan informasi hukum melalui alamat https://jdih.pertanian.go.id/