Dalam rangka mewujudkan  peningkatan kelembagaan UPT Kementerian Pertanian yang kapabel dan akuntabel dalam melaksanakan tugas fungsi mendukung  rencana strategis pembangunan pertanian yang menitikberatkan pada 7 (tujuh) Strategi Utama dan 9 (sembilan) Strategi Pendukung Penguatan Pembangunan Pertanian untuk Kedaulatan Pangan (P3KP).  Untuk pelaksanaan pencapaian sasaran strategi utama dan pendukung tersebut, Kementerian Pertanian tidak dapat bekerja sendiri, akan tetapi memerlukan kerja sama dari berbagai pihak. Kinerja sektor pertanian tidak sepenuhnya tergantung pada Kementerian Pertanian semata, tetapi ada pihak lain yang memiliki peran juga untuk berkontribusi baik secara langsung maupun tidak langsung, seperti: Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, Kementerian Perdagangan, Kementerian Perindustrian, BULOG, PEMDA (Provinsi/Kabupaten/Kota), dunia usaha, perbankan, lembaga pembiayaan bukan bank, serta peran aktif petani, pekebun, dan peternak di seluruh tanah air sebagai pelaku utama pembangunan pertanian.

1. Penguatan organisasi
   1. Aspek organisasi, sesuai Instruksi Presiden Nomor 13 Tahun 1998 tentang Prosedur Pengusulan, Penetapan, dan Evaluasi Organisasi Pemerintah, bahwa evaluasi organisasi dilakukan paling kurang setahun sekali
   2. Evaluasi organisasi tidak berarti meningkatkan eselonering, tetapi lebih banyak mengidentifikasi tugas dan fungsi tidak overlapping dengan unit kerja lain, dan dapat diterapkan sebagai sarana pencapaian program pembangunan pertanian
   3. Evaluasi organisasi dilakukan untuk menjamin pencapaian sasaran program pembangunan efektif dan efisien, tidak berbelit, dan memangkas birokrasi
2. Penguatan ketalaksanaan
   1. Undang-Undang Nomor 30 Tahun 2014 tentang Administrasi Pemerintahan Pasal 7 huruf h mewajibkan menyusun standar operasional dan prosedur keputusan dan/atau tindakan
   2. Peraturan Presiden Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi Kementerian Negara Pasal 79 menyebutkan Kementerian harus menyusun peta bisnis proses yang menggambarkan tata hubungan kerja yang efektif dan efisien antar masing-masing unit organisasi di lingkungan Kementerian
   3. Tingkat Kementerian Pertanian telah ditetapkan Keputusan Menteri Pertanian Nomor 718 Tahun 2016 tentang Peta Proses Bisnis Kementerian Pertanian, yang mengatur proses dan keterkaitan kerja eselon I lingkup Kementerian Pertanian
   4. Tingkat eselon I yang menggambarkan proses dan keterkaitan kerja eselon II sampai dengan UPT masih dalam proses pembahasan
   5. Tingkat UPT perlu disepakati peta proses bisnis apa yang perlu disusun, mengingat hampir semua UPT sudah menerapkan ISO 9001 tentang sistem manajemen. Untuk UPT yang menggunakan sarana laboratorium dengan ISO 17025
   6. Penyusunan peta proses tidak menunggu payung hukum dari Kementerian PAN dan RB mengingat kebutuhan semakin mendesak
   7. Prinsip dasar penyusunan peta proses bisnis yaitu simpel dan mudah diterapkan. (simple is better)
3. Penguatan SDM Pertanian
   1. PNS Kementerian Pertanian per 28 Maret 2017 berjumlah 19,545 terdiri atas berbagai latar belakang pendidikan semestinya mencukupi untuk melaksanakan program pembangunan pertanian
   2. Permasalahan seluruh unit kerja sama, yakni kekurangan pegawai secara jumlah dan kompetensi. Tahun 2019 di seluruh unit kerja lingkup Kementerian Pertanian sampai dengan UPT hampir 10 (sepuluh) persen memasuki batas usia pensiun
   3. Kementerian Pertanian tidak dapat berharap dengan formasi CPNS, sampai saat ini Kementerian PAN dan RB belum mengumumkan formasi tersebut